Autorka textu: Anna Slaninová
Vybrali jsme pro vás příběhy tří podpořených českých vědkyň a vědců. Kateřina Rohlenová z Biotechnologického ústavu AV ČR, Tomáš Pluskal z Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR a Jiří Zemánek z ČVUT nám prozradili, kam je i jejich studenty spolupráce s MIT posunula, i to, proč by program doporučili dalším českým vědeckým týmům. Přihlášky do programu jsou totiž právě otevřené.
Příběh první: Kateřina Rohlenová z Biotechnologického ústavu píše ve spolupráci s MIT přelomový článek o nádorových buňkách
Když byla Kateřina Rohlenová studentkou biologie, slavná americká univerzita MIT (Massachusetts Institute of Technology) pro ni představovala nedostižné vědecké výšiny. Dnes, když vede vlastní výzkumnou skupinu v Biotechnologickém ústavu AV ČR v BIOCEV, už s MIT na denní bázi spolupracuje, a to především díky grantu MIT-Czech Republic IOCB Tech Foundation Seed Fund, který v Česku financuje Nadační fond IOCB Tech. Program podporuje spolupráci vědkyň a vědců z českých institucí a americké MIT, a to v rané fázi, kterou nepokrývá standardní grantová podpora.
„Tento grant je tím, co nabízí, úplně jiný než ostatní granty,“ vysvětluje Kateřina Rohlenová a vzpomíná, že její skupina už dlouho stála o spolupráci s týmem profesora Matthewa Vander Heidena, ředitele věhlasného Kochova institutu pro výzkum rakoviny na MIT. Až program Nadačního fondu IOCB Tech partnerství mezi českou a americkou laboratoří umožnil. „Když jsme grant získali, začali všichni brát naši spolupráci vážně. Také se nám díky grantu podařilo vycestovat na MIT a zároveň přivítat americké kolegy u nás na BIOCEVu,“ dodává.
Nadační fond IOCB Tech vkládá do programu 100 tisíc dolarů ročně, což umožňuje rozjezd až čtyř nových spoluprací částkou 25 tisíc dolarů (více než půl milionu korun). Díky podpoře v roce 2022/2023 navštívila nejprve Kateřina Rohlenová laboratoře MIT a následně přijel profesor Vander Heiden se svými dvěma Ph.D. studenty do Prahy. „Studenti z MIT s námi v laboratoři zůstali týden, což bylo super. Kromě toho, že jsme měli čas probrat všechny detaily projektu, zvládli jsme uspořádat i malou konferenci pro doktorandy a postdoky,“ vyjmenovává Kateřina Rohlenová.
Právě na společné česko-americké konferenci se se studenty z MIT seznámil i doktorand Kateřiny Rohlenové Mirko Miloševič, který ve finální fázi projektu vycestoval na MIT na dvouměsíční výzkumnou stáž. „Mirko s sebou na MIT vzal veliký set našich vzorků, které na americké univerzitě změřili, díky čemuž jsme získali zcela zásadní data pro náš společný článek,“ vysvětluje Kateřina Rohlenová.
Čeští a američtí vědci v rámci projektu společně zkoumali, jak se rakovinné buňky přizpůsobují situaci, kdy jim chybí schopnost vytvořit si dostatek aspartátu, což je aminokyselina nezbytná pro jejich rychlý růst a množení. „Díky expertíze, kterou na MIT mají, jsme byli schopni změřit koncentraci metabolitů v tzv. intersticiální tekutině, která vyplňuje prostor mezi buňkami v nádorových tkáních. Dalo nám to velice důležité informace, které podpořily naše další výsledky,“ říká Kateřina Rohlenová a doplňuje, že nyní ve spolupráci s kolegy z MIT na dokončení přelomového článku intenzivně pracují.
Díky velice úspěšné spolupráci by dnes Kateřina Rohlenová program doporučila všem vědkyním a vědcům, kteří stojí o partnerství se špičkovým pracovištěm. „Je skvělé, že jednou z podmínek grantu je, že do něj musíte zapojit studenty. Ze spolupráce s americkými vědci tak měla skutečně benefit celá naši laborka. Byla to velká věc pro všechny,“ usmívá se česká vědkyně.
Kateřina Rohlenová je uznávanou vědkyní v oblasti nádorové biologie. Od roku 2020 vede v Biotechnologickém ústavu AV ČR v BIOCEV vlastní skupinu Laboratoř buněčného metabolismu. V roce 2022 získala prestižní ERC Starting grant, a to na výzkum metabolické komunikace mezi zdravými a rakovinnými buňkami. Je nositelkou Ceny Neuron pro nadějné vědce za obor medicína.
Příběh druhý: Tomáš Pluskal z ÚOCHB díky kontaktům z MIT uspořádal v Praze dvě mezinárodní sympozia s účastí vědců ze špičkových světových laboratoří
Dalo by se říct, že český vědec Tomáš Pluskal je na americké univerzitě MIT jako doma. Pět let pracoval v americkém Cambridge na Whitehead Institute při MIT, který se zaměřuje na základní biomedicínský výzkum. Když se pak vrátil do Prahy, kde ve špičkovém Ústavu organické chemie a biochemie založil vlastní výzkumnou skupinu, spolupráci s MIT rychle obnovil. Pomohl mu v tom právě MIT-Czech Republic IOCB Tech Foundation Seed Fund, který Tomáš Pluskal v roce 2021 získal jako jeden z úplně prvních příjemců. „Když vám laboratoř na MIT odsouhlasí spolupráci, máte už díky grantu na tuto prestižní vědeckou instituci dveře otevřené. To žádný jiný grant zařídit neumí,“ říká vědec.
Díky podpoře Nadačního fondu IOCB Tech, který grant financuje, mohl Tomáš Pluskal navázat spolupráci s profesorkou Reginou Barzilay z MIT School of Engineering. „Její laboratoř je světovou špičkou v oblasti, do které jsme chtěli vstoupit,“ vysvětluje vědec, který se do programu přihlásil s projektem předpovídání biosyntetických reakcí pomocí umělé inteligence. „Když jsme měli s profesorkou Barzilay první call, měla na nás jen tři minuty. Zběžně jsme jí odprezentovali práci mého studenta Romana Bushuieva, za kterou získal cenu Via Chimica. Podívala se na nás a řekla: 'Ty metody, které uplatňujete, jsou strašně staré, to už nikdo nepoužívá',“ směje se Tomáš Pluskal a dodává: „V Česku nikdo nic podobného nedělal. Takovou zpětnou vazbu jsme dostali jen díky tomu, že jsme navázali kontakt s vědci, kteří jsou opravdu na špičce oboru.“
Do laboratoří prof. Barzilay na MIT vycestoval nejprve Tomáš Pluskal. Pak do Bostonu vyslal své dva Ph.D. studenty Romana Bushuieva a Ramana Samuseviche, kteří tam strávili celkem tři měsíce. „Byla to pro ně neuvěřitelná příležitost: pracovat na MIT, potkat místní vědeckou komunitu, udělat si tam přátele. Oba z toho doteď těží. Kolegové z MIT se pak rozletěli na jiné instituce a díky tomu mají moji studenti vlastní síť kontaktů na špičkových univerzitách nebo startupech po celém světě,“ říká Tomáš Pluskal.
Za nejcennější výstup Tomáš Pluskal považuje vědecký networking, který trvá i po skončení grantu. V roce 2023 pozval Tomáš Pluskal americké vědce do Prahy na sympozium na téma Biochemical machine learning, které otevřel i kolegům z Matfyzu, ČVUT a dalších českých vědeckých institucí. „Mělo to velký úspěch. Projekty, které tu kolegové z MIT prezentovali, byly naprosto špičkové a řadě českých vědců úplně otevřelo oči, když viděli, co vše je v této oblasti možné,“ vzpomíná Tomáš Pluskal. Díky úspěchu prvního sympozia uspořádal letos v srpnu další: Prague bioML Symposium 2025. „To už byla větší akce, na kterou jsme pozvali i vědce, které jsme do té doby neznali. Byli tam studenti z laboratoří nositelů Nobelovy ceny Frances Arnoldové nebo Davida Bakera, prostě hvězdná účast. Nebýt tohoto grantu, nic z toho by se nestalo,“ usmívá se Tomáš Pluskal.
Příběh spolupráce laboratoře Tomáše Pluskala s americkou MIT bude mít minimálně ještě jednu kapitolu. Českému vědci se totiž podařilo získat grant MIT-Czech Republic IOCB Tech Foundation Seed Fund znovu v roce 2024/2025, a to s novým projektem multimodální umělé inteligence, která dokáže předvídat hmotnostní spektra a objevovat molekulární struktury. Pluskalův tým nyní na průlomovém tématu pracuje s vycházející hvězdou v oboru chemického inženýrství Connorem W. Coleym z MIT Department of Chemical Engineering.
Tomáš Pluskal ve svém výzkumu inovativně využívá umělou inteligenci v oboru biochemie. Od roku 2020 vede v Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR vlastní skupinu Biochemie rostlinných specializovaných metabolitů. V roce 2024 uspěl se svým projektem TerpenCode v soutěži o prestižní ERC Consolidator grant. Je laureátem Ceny Neuron pro nadějné vědce za chemii.
Příběh třetí: Díky nové spolupráci mohou vědci na MIT testovat řídicí systémy, které vyvinul tým Jiřího Zemánka z ČVUT
O tom dostat se na MIT snil vědec Jiří Zemánek už jako student. Vždycky ho totiž lákalo balancovat mezi prací hlavou a rukama. „Univerzita MIT je v tomto ohledu výjimečná. Heslo Mens et manus (tedy Mysl a ruka) si dala dokonce do svého univerzitního motta, což se mi velmi líbilo,“ říká Jiří Zemánek. Na MIT se jako postdoktorand skutečně dostal: v rámci Fulbright-Masarykova stipendia strávil akademický rok 2019/2020 v laboratořích Center for Bits and Atoms u profesora Neila Gershenfelda.
„Profesor Gershenfeld je takový novodobý Leonardo da Vinci. Jeho výzkum sahá od digitální výroby přes biologii až po kvantové počítače. Má publikace ve špičkových časopisech i spolupráce s průmyslem. A kromě toho dělá aktivity se společenským dopadem, založil například celosvětovou síť dílen Fab Lab,“ říká Jiří Zemánek, který po vzoru Gershenfeldova slavného předmětu How To Make (Almost) Anything na MIT zavedl na MIT zavedl českou obdobu (mimochodem též velmi úspěšnou) v podobě kurzu Jak vyrobit (téměř) cokoliv v Praze na ČVUT.
Intenzivní spolupráce s MIT Jiřímu Zemánkovi po návratu do Prahy ale scházela. „Neměl jsem zájem oslovovat jiné pracoviště. Měl jsem jasno v tom, že chci pokračovat ve spolupráci s Neilem Gershenfeldem,“ říká vědec z ČVUT, který se netají tím, že grant MIT-Czech Republic IOCB Tech Foundation Seed Fund získal až napotřetí. „Nehodlal jsem to vzdát. V případě Center for Bits and Atoms je osobní zážitek nepřenositelný. Inspiruje vás nejen vybavení, ale hlavně lidé, jejich přístup a projekty,“ vysvětluje s tím, že chtěl, aby prostředí MIT poznali i jeho studenti. Díky podpoře Nadačního fondu IOCB Tech se i tento sen v roce 2023/2024 vyplnil.
Letos v létě přijeli v rámci programu američtí vědci do Prahy na ČVUT a profesor Neil Gershenfeld tu měl výjimečnou přednášku From Bits to Atoms. Teď v říjnu naopak vycestoval Jiří Zemánek společně se svými šesti bakalářskými, magisterskými a Ph.D. studenty na týden na MIT. „Pojali jsme to jako takový dnes populární hackathon, během něj jsme společně s americkým Ph.D. studentem Alfonsem Parra Rubiem přišli s prototypem nezvyklého origami robota sestaveného ze skládaných modulů,“ říká Jiří Zemánek.
Největší radost měl ale český vědec z toho, že se jeho studentům z ČVUT podařilo svými nápady nadchnout profesora Gershenfelda. „Řekl jim, že by u něj s přehledem absolvovali, a požádal je, aby se svými projekty vystoupili před jeho studenty na legendárním kurzu How To Make (Almost) Anything. To bylo úžasné,“ usmívá se Jiří Zemánek a zdůrazňuje, že právě možnost osobních návštěv a práce na společných experimentech je klíčovým přínosem tohoto grantu.
Jeden ze studentů Jiřího Zemánka, doktorand ČVUT Krištof Pučejdl, v laboratořích MIT ještě zůstává. Na měsíční stáži bude v laboratořích Center for Bits and Atoms pracovat na společném česko-americkém projektu řídicích systémů pro digitální materiály. „Téma je kombinací toho, v čem jsou dobří oni (digitální materiály) a v čem my (návrh řízení systémů a jejich modelování),“ vysvětluje Jiří Zemánek. „Spolupráce s MIT dává našemu výzkumu širší kontext. Můžeme cílit výš, co se týká realizací. A obecně vás to prostředí jaksi pozitivně nakazí,“ dodává.
Jiří Zemánek pracuje jako vědec a pedagog na Katedře řídicí techniky FEL ČVUT v Praze. Věnuje se například otázce, jak bezdotykově řídit pohyb předmětů za pomoci magnetického nebo elektrického pole. Vedle toho intenzivně popularizuje tzv. hravou vědu, a to jak na akademické půdě, tak třeba i na festivalu novodobých kutilů Maker Faire.
Grant MIT-Czech Republic IOCB Tech Foundation Seed Fund podporuje spolupráci vědců z českých institucí a prestižní americké univerzity MIT napříč obory, a to v rané fázi, kterou nepokrývá standardní grantová podpora. Fond v prvních čtyřech ročnících umožnil rozjezd celkem 16 nových spoluprací českých vědeckých týmů s partnery z MIT. Týmy získaly podporu do výše 25 tisíc dolarů (v přepočtu více než půl milionu korun), které mohly využít na úhradu cestovních nákladů a ubytování spojených s pracovními setkáními a vědeckými stážemi. Program vznikl v roce 2021 ve spolupráci MIT, Akademie věd ČR, Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR a jeho dceřiné společnosti IOCB Tech. Od roku 2022 program financuje Nadační fond IOCB Tech, který do něj vkládá částku 100 tisíc dolarů ročně.
Další ročník programu MIT Global Seed Funds pro rok 2025/2026 je už otevřen. Vědecké týmy se mohou se svými projekty hlásit do 16. prosince zde.