Připravila Anna Slaninová
Dr. Tomáš Pluskal, vedoucí skupiny Biochemie rostlinných specializovaných metabolitů, ÚOCHB
Dr. Tomáš Pluskal ve svém výzkumu inovativně využívá umělou inteligenci v oboru biochemie. Od roku 2020 vede v Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR vlastní skupinu Biochemie rostlinných specializovaných metabolitů. V roce 2024 uspěl se svým projektem TerpenCode v soutěži o prestižní ERC Consolidator grant a je laureátem Ceny Neuron pro nadějné vědce za chemii. Povídali jsme si s ním o jeho zkušenostech s grantem MIT-Czech Republic IOCB Tech Foundation Seed Fund, díky němuž si vytvořil síť kontaktů, která mu umožnila uspořádat v Praze dvě mezinárodní sympozia s účastí vědců ze špičkových světových laboratoří.
Dalo by se říct, že český vědec Tomáš Pluskal je na americké univerzitě MIT jako doma. Pět let pracoval v americkém Cambridge na Whitehead Institute při MIT, který se zaměřuje na základní biomedicínský výzkum. Když se pak vrátil do Prahy, kde ve špičkovém Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR založil vlastní výzkumnou skupinu, spolupráci s MIT rychle obnovil. Pomohl mu v tom právě MIT-Czech Republic IOCB Tech Foundation Seed Fund, který Tomáš Pluskal v roce 2021/2022 získal jako jeden z úplně prvních příjemců. „Když vám daná laboratoř na MIT odsouhlasí spolupráci, máte už díky grantu na tuto prestižní vědeckou instituci dveře otevřené. To žádný jiný grant zařídit neumí,“ říká vědec.
Díky podpoře Nadačního fondu IOCB Tech, který grant financuje, mohl Tomáš Pluskal navázat spolupráci s profesorkou Reginou Barzilay z MIT School of Engineering. „Její laboratoř je světovou špičkou v oblasti, do které jsme chtěli vstoupit,“ vysvětluje vědec, který se do programu přihlásil s projektem předpovídání biosyntetických reakcí pomocí umělé inteligence. „Když jsme měli s profesorkou Barzilay první call, měla na nás jen tři minuty. Zběžně jsme jí odprezentovali práci mého studenta Romana Bushuieva, za kterou získal cenu Via Chimica. Podívala se na nás a řekla: 'Ty metody, které uplatňujete, jsou strašně staré, to už nikdo nepoužívá',“ směje se Tomáš Pluskal a dodává: „V Česku nikdo nic podobného nedělal. Takovou zpětnou vazbu jsme dostali jen díky tomu, že jsme navázali kontakt s vědci, kteří jsou opravdu na špičce oboru.“
Do laboratoří prof. Barzilay na MIT vycestoval nejprve Tomáš Pluskal. Pak do Bostonu vyslal své dva Ph.D. studenty Romana Bushuieva a Ramana Samuseviche, kteří tam strávili celkem tři měsíce. „Byla to pro ně neuvěřitelná příležitost: pracovat na MIT, potkat místní vědeckou komunitu, udělat si tam přátele. Oba z toho doteď těží. Kolegové z MIT se pak rozletěli na jiné instituce a díky tomu mají moji studenti vlastní síť kontaktů na špičkových univerzitách nebo startupech po celém světě,“ říká Tomáš Pluskal.
Prague bioML Symposium 2025
Za nejcennější výstup Tomáš Pluskal považuje vědecký networking, který trvá i po skončení grantu. V roce 2023 pozval Tomáš Pluskal americké vědce do Prahy na sympozium na téma Biochemical Machine Learning, které otevřel i kolegům z Matfyzu, ČVUT a dalších českých vědeckých institucí. „Mělo to velký úspěch. Projekty, které tu kolegové z MIT prezentovali, byly naprosto špičkové, a řadě českých vědců úplně otevřelo oči, když viděli, co vše je v této oblasti možné,“ vzpomíná Tomáš Pluskal. Díky úspěchu prvního sympozia uspořádal letos v srpnu další: Prague bioML Symposium 2025. „To už byla větší akce, na kterou jsme pozvali i vědce, které jsme do té doby neznali. Byli tam studenti z laboratoří nositelů Nobelovy ceny Frances Arnoldové nebo Davida Bakera, prostě hvězdná účast. Nebýt tohoto grantu, nic z toho by se nestalo,“ usmívá se Tomáš Pluskal.
Příběh spolupráce laboratoře Tomáše Pluskala s americkou MIT bude mít minimálně ještě jednu kapitolu. Českému vědci se totiž podařilo získat grant MIT-Czech Republic IOCB Tech Foundation Seed Fund znovu v roce 2024/2025, a to s novým projektem multimodální umělé inteligence, která dokáže předvídat hmotnostní spektra a objevovat molekulární struktury. Pluskalův tým nyní na průlomovém tématu pracuje s vycházející hvězdou v oboru chemického inženýrství Connorem W. Coleym z MIT Department of Chemical Engineering.
Program vznikl v roce 2021 ve spolupráci MIT, Akademie věd ČR, Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR a jeho dceřiné společnosti IOCB Tech. Od roku 2022 program financuje Nadační fond IOCB Tech, který do něj vkládá částku 100 tisíc dolarů ročně.
Další ročník programu MIT Global Seed Funds pro rok 2025/2026 je právě otevřen. Vědecké týmy se mohou se svými projekty hlásit do 16. prosince zde.